Экономика Чон-Алайского района в основном опирается на животноводство, сельское хозяйство и внутреннюю торговлю. По данным на 2024 год, на территории района насчитывается 195 400 голов скота. Площадь пашни — 4 321 га, пастбища — 79 903 га.

В сельском хозяйстве в 2023 году произведено:
— Картофель — 6 217 тонн
— Ячмень — 470 тонн
— Люцерна — 2 703 тонны
— Пшеница — 132 тонны
— Кукуруза — 1 069 тонн
Общий объем сельскохозяйственной продукции в 2023 году составил 897,3 млн сомов.

Сельское хозяйство района осуществляется в основном дехканскими и семейными хозяйствами. Несмотря на ограниченные оросительные системы, в высокогорных условиях производится экологически чистая продукция.

Чон-Алай богат полезными ископаемыми. В районе выявлены запасы золота, меди, угля и других ресурсов. Проводятся геологоразведочные работы, перспективные участки лицензируются. Минеральные ресурсы района пока не освоены в полной мере.

Туризм — перспективная отрасль для района. На его территории расположены горные хребты Памир-Алая, ледники, природные парки и археологические памятники. Регион подходит для экотуризма, альпинизма, этнотуризма и культурного туризма. Такие объекты как «Кызыл-Аскар», «Кулдата», «Дароот-Коргонское ущелье» вызывают интерес у туристов.

Малый и средний бизнес развивается постепенно. Предприниматели района занимаются переработкой мясо-молочной продукции, пчеловодством и традиционным ремеслом. Местная администрация готова к сотрудничеству с инвесторами и реализует программы регионального развития.

Экономическая карта