Чоң-Алай районунун экономикасы негизинен мал чарбасына, айыл чарбасына жана ичке соодага таянат. 2024-жылдагы маалыматка ылайык, район аймагында 195 400 баш мал бар. Айдоо аянты — 4 321 га, жайыт жерлер — 79 903 га.

Айыл чарба боюнча райондо 2023-жылы:
— Картошка — 6 217 тонна
— Арпа — 470 тонна
— Беде — 2 703 тонна
— Буудай — 132 тонна
— Жүгөрү — 1 069 тонна
Жалпы айыл чарба продукциясынын көлөмү 2023-жылы 897,3 млн сомду түзгөн.

Райондун айыл чарбасы негизинен дыйкан чарбалар жана үй-бүлөлүк чарбалар аркылуу жүргүзүлөт. Сугат системалары чектелүү болгону менен, жогорку тоолуу шарттарда экологиялык таза азыктар өндүрүлөт.

Чоң-Алай аймагы кен байлыктарга бай. Аймакта алтын, жез, көмүр жана башка пайдалуу кендердин запастары бар экени аныкталган. Геологиялык чалгындоолор жүргүзүлүп, келечектүү участокторго лицензиялар берилүүдө. Аймактагы минералдык ресурстар азырынча толук өздөштүрүлгөн эмес.

Туризм — район үчүн келечектүү тармак. Анын аймагында Памир-Алай тоо кыркалары, мөңгүлөр, жаратылыш парктары жана археологиялык эстеликтер жайгашкан. Аймак экотуризм, альпинизм, этнотуризм жана маданий туризмге ыңгайлуу. «Кызыл-Аскар», «Кулдата», «Дароот-Коргон капкасы» сыяктуу тарыхый жана жаратылыш жайлары туристтер үчүн кызыктуу.

Чакан жана орто бизнес акырындык менен өнүгүүдө. Аймактагы ишкерлер негизинен эт-сүт азыктарын кайра иштетүү, бал өндүрүү жана салттуу кол өнөрчүлүк менен алектенишет. Жергиликтүү администрация инвесторлор менен кызматташтыкка даяр жана аймактык өнүктүрүү программаларын ишке ашырууда.

Экономикалык карта